Sistem E-Permit 2 dibangunkan oleh Jabatan Perkhidmatan Veterinar pada 2008 dan mula digunakan seluruh negara pada April 2009. Pembangunan sistem ini bertujuan untuk mengawal penyakit haiwan dan sebagai mekanisme daya jejak penyakit, haiwan dan produk haiwan seperti yang diperuntukkan di bawah Akta Binatang 1953 dan Enakmen-Enakmen Negeri.
Sistem ini terdiri daripada dua modul iaitu Pendaftaran Premis Haiwan dan Permohonan Akuan Kebenaran Pindah (Permit) antara negeri-negeri di Malaysia. Bagi modul Pendaftaran Premis Haiwan, terdapat 29 klasifikasi premis yang perlu didaftarkan termasuk ladang ternakan, stesen kuarantin haiwan, rumah sembelih (abatoir), bangunan walit, loji pemprosesan, kedai haiwan dan premis lain yang menjalankan perkhidmatan berkaitan haiwan.
Selain premis haiwan, pengangkutan yang digunakan untuk membawa haiwan berpindah dan ternakan juga didaftarkan. Sehingga 31 Disember 2009, sebanyak 10,134 buah premis, pengangkutan (1,864) dan 54,014 ekor ternakan ruminan telah didaftarkan.
Bagi modul Permohonan Akuan Kebenaran Pindah (Permit), modul ini memudahkan prosedur permohonan permit pemindahan haiwan dan produk haiwan antara negeri di Malaysia. Ia merangkumi permohonan Akuan Kebenaran Pindah Masuk (AKPM) dan Akuan Kebenaran Pindah Keluar (AKPK).
Bermula 14 September hingga 31 Disember 2009, sistem ini menerima 7,888 permohonan permit secara elektronik dan telah mencetak 14,980 permit AKPK dan AKPM. Melalui sistem ini, daya jejak haiwan dapat dijalankan dengan menggunakan pengenalan haiwan yang didaftarkan semasa memohon permit.
Pengenalan yang digunakan termasuklah nombor visual tag atau nombor RFID tag pada lembu, kambing, kerbau dan bebiri. Ternakan khinzir pula menggunakan ear notch manakala haiwan kesayangan nombor siri pet passport, nama atau nombor mikrocip sebagai pengenalan. Penggunaan RFID tag pada ternakan memudahkan lagi daya jejak dijalankan kerana nombor tag ini unik dan mampu menyimpan lebih banyak data.